Pada 17 Februari 2009, Mahkamah Persekutuan Kuala Lumpur memutuskan M.Manoharan tidak dibebaskan dari tahanan di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA).3 hakim iaitu Hakim Dato' Nik Hashim Nik Ab Rahman, Dato' Augustine Paul dan Dato' Zulkefli Ahmad Makinuddin menolak permohonan habeas corpus yang dikemukakan pada tahun 2008. Ini merupakan penolakan kali ke-2. Penolakan kali kedua pada 26 disember 2007. Rayuannya di Mahkamah Persekutuan ditolak pada 8 September 2008. 12 November 2008, Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur menolak permohonan habeas corpus. Timbalan Pendakwaraya Najib Zakaria bertindak bagi pihak Menteri Dalam Negeri. Peguam A. Srimurugan bertindak sebagai peguam M.Manoharan.[4] Isterinya, S Pushpaneela terpaksa menjaga empat anak, menjaga firma guamannya dan kawasan pilihan raya. Pada April 2009, kemungkinan pilihan raya kecil akan diadakan berikutan masalah ini.[5]